A MÖJE irányítását 3 fős Elnökség látja el, amely dönt mindazon kérdésekben, amelyet jogszabály vagy Alapszabály nem utal a Közgyűlés kizárólagos hatáskörébe.
A MÖJE elnöke: Prof. Dr. Csák Csilla
A MÖJE elnökhelyettesei: Dr. Köbel Szilvia
Dr. Kruzslicz Péter